Основные направления работы отдела – координация и обеспечение деятельности закрепленных за отделом федеральных исследовательских научных центров из числа подведомственных Департаменту организаций, сформированных по результатам реализации проектов реструктуризации организаций, подведомственных Минобрнауки России.